دکتر مظفّربقائی کرمانی درفروردین ماه1366 بازداشت شد و به زندان معروف«اوین» انتقال یافت.این دومین بازداشت اودرجمهوری اسلامی بود.ازاین زمان تا اواخرآبان1366که به خانوادۀ دکتر بقائی اطلاع داده شد می توانند جنازۀ او را در بیمارستان مهر تحویل بگیرند، به هیچیک ازافراد خانواده یا دوستان وی اجازۀ ملاقات با او داده نشده بود.

هنگامی که بستگان دکتر بقائی در بیمارستان مهر به سراغ او رفتند سیاستمدار 77 ساله وازرهبران برجستهء ملّی کردن صنعت نفت،بر اثر تحمّل شکنجه(ضرب وشتم،محروم ماندن ازآب و غذا و دارو، بویژه انسولین) اعضای بدنش از کار افتاده بود و درحال اغماء(حیات نباتی) بسر می بُرد.11 روز وی در همین حالت باقی ماندو بی آنکه چشم باز کند یاسخن بگوید سرانجام درسپیده دم  25 آبان 1366 جان سپُرد.وزن بدن بقائی که پیش ازبازداشت شدن از 100 کیلو تجاوزمی‌کرد،درهنگام انتقال به بیمارستان به 40 کیلو نمی‌رسید وازاو جزپوست و استخوانی باقی نمانده بود.
مأمورین امنیّتی جنازۀ دکتر بقائی را درمحلی که خودشان تعیین کرده بودند به خاک سپردند واز تحویل دادن جسد به خانوادۀ وی یا برگزاری هر نوع مراسمی جلوگیری کردند.
اما بستن و بایگانی کردن پروندهء مرگ دکتر بقائی آسان نبود زیرا گواهی فوت و پروانۀ دفن به نام «مظفر بقائی» صادر شده است در حالی که دکتر بقائی در اوین با نام مجعول «محمد کتیرائی» زندانی شده بودوباهمین نام،دو باراززندان به بیمارستان انتقال یافته بود وپروندۀ پزشکی وی به همین نام تنظیم شده است.
از طرف دیگر در حالی که وزارت اطلاعات و مراجع امنیّتی جمهوری اسلامی در بیانیه‌های رسمی خود اعلام کرده بودند «دکتر بقائی براثراعادۀ سیفلیس ِمُزمن درگذشته است»،پزشکان بیمارستان مرگ را«ناشی از متوقف شدن فعالیت های ارگانیک بدن» ذکرکردند. بدین ترتیب،پروندۀ مرگ بیماری به نام«محمد کتیرائی»که از زندان اوین به بیمارستان مهر منتقل شده بود و با نام مظفر بقائی گواهی فوت او صادر شد،مدتی در بیمارستان بلاتکلیف ماند و دستگاه امنیّتی جمهوری اسلامی راه حلّی برای این مشکل پیش بینی نشده پیدا نکردند.
دراطلاعیه‌ای که 27آبان1366ازطرف مسئولان جمهوری اسلامی انتشاریافت چنین آمده است:«مظفربقائی رئیس حزب منحلۀ زحمتکشان ایران روز دوشنبه براثرعود بیماری سیفلیس در بیمارستان مهر تهران جان سپُرد.وی چندی پیش براثر پیشرفت مرحلۀ سوم بیماری سیفلیس از بازداشتگاه به بیمارستان منتقل شد و سرانجام در این بیمارستان مُرد. بقائی از عناصر مرموز تاریخ معاصر ایران بود که قبل و بعد از پیروزی انقلاب اسلامی در ایجاد تفرقه و توطئه نقش مؤثری داشته است.وی درشهریور1365سفری مشکوک به آمریکا انجام داد و پس از بازگشت از آمریکا دستگیر شد. گزارش‌هایی در دست است که نشان می‌دهد در آمریکا آقای بقائی برای معرفی گروه سیاسی خود به عنوان آلترناتیو میانه رو تلاش می‌کرده است».
پس از مرگ دکتر بقائی،اطلاعاتی دربارۀ چگونگی آخرین بازداشت و آخرین ماه‌های زندگی وی از داخل زندان اوین به دست آمده است.
دکتر بقائی مردی فربه و درشت اندام بود که وزن بدنش از 100 کیلو گرم تجاوز می‌کرد.اوعادت داشت که روزانه بیش از 50 سیگار دود کند.ضمناً مجبور بود از لحاظ ابتلاء به بیماری قند بطور منظم از «انسولین» استفاده کند.
هنگامی که او را بازداشت کردند و به زندان اوین بردند به وی یادآور شدند که او با نام «محمد کتیرائی» زندانی خواهد بود و اگر بخواهد از مشکلات بعدی برحذر بماند باید این نام را بپذیرد و با مأمورین بازجوئی همکاری کند.آنگاه،مانند سایر زندانیان سیاسی،دکتر بقائی را چندین هفته در زندان مجرّد و تاریک نگه داشتند تا از لحاظ روانی به نقطۀ پایان مقاومت خود برسد. پس از آن،یک روز،بازجوی«وزارت اطلاعات»به سراغ او رفت.طرفین،در پشت میزی روبروی هم نشستند و بازجو، در حالی که زندانی را «محمد کتیرائی» خطاب می‌کرد سئوالاتی را در میان گذاشت. زندانی ساکت ماند. بازجو گفت:
– آیا شما قصد دارید از دادن جواب خودداری کنید؟
زندانی پاسخ داد:
– شما از شخصی به نام محمد کتیرائی سئوال می‌کنید که من او را نمی‌شناسم. من دکتر مظفر بقائی هستم!
بدینسان نخستین بازجوئی متوقّّف شد وبازجو به مقامات مافوق خود گزارش داد که زندانی او از «همکاری» خودداری می‌کند.
درروزهای بعد-برای آنکه دکتربقائی را تحت فشار بگذارندوبه«همکاری» وادار کنند برسختگیری‌ها افزودند. به او از پُشتِ سر دستبند زدند.یکبار در حالی که چشمهایش را بسته بودند او را سوار اتومبیل کردند.مسافتی راندند و به او گفتند که اگر وصیّتی دارد بکند زیرا او را می‌برند که اعدامش کنند. بعد، در نقطه‌ای پیاده شدند.زندانی را رو به دیوار نگهداشتند و از بغل گوش او شلیک کردند.
دکتر بقائی در دوران زندگی سیاسی خود به برخورداری از نیروی مقاومت شگفتی‌آور شهرت داشت و حتی دشمنان سیاسی وی اعتراف داشتند که او شخصی متهوّر و قویدل و تسلیم ناپذیر است.هنگامی که در زندان اوین نتوانستند با این اقدامات او را برای «همکاری»حاضر کنند،انسولین و داروهای دیگر او را قطع کردند.ازنظرپزشکی،این کار،مرگ تدریجی زندانی بودو موجب شد تابقائی توان جسمی خود را از دست بدهد و به حال اغماء بیفتد.ناچار،او را به بیمارستان مهرمنتقل کردند.چندروزبه نام«محمدکتیرائی» در بیمارستان تحت درمان قرار گرفت وهنگامی که سلامت خود را تا حدودی بازیافت،دوباره،او را به زندان بردند.
در زندان،مأموران وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی با دکتر بقائی دیداری کردند و به او گفتند باید برای انجام یک مصاحبۀ تلویزیونی و اعتراف به جاسوسی برای آمریکا و انگلیس (نظیر مصاحبه با رهبران حزب توده و مصاحبه‌ای که با راجر کوپر انگلیسی صورت گرفت) حاضر شود،درآن صورت وسایل آسایش او فراهم می‌شود و احتمالاً از زندان آزاد خواهد شد.سیاستمدار سالخورده در پاسخ گفت: 

– «من برای مصاحبۀ تلویزیونی آماده‌ام،اما مشروط به آن که در جواب گفتن به سئوالات،آزاد باشم!».
این بار،بهای سرسختی دکتربقائی بسیارسنگین بود:سه روز،تمام داروها و همچنین آب و غذای او را قطع کردند و در نتیجه بدنش بکلی از کار افتاد. هنگامی که برای بار دوم او را از زندان به بیمارستان مهر منتقل کردند فقط نفس می‌کشید، نه قادر به خوردن و آشامیدن بود و نه قادر به حرف زدن.
سرانجام دربامداد 25 آبان 1366 دکترمظفربقائی بانام مستعار«محمدکتیرائی»چشم ازجهان فروبست.بازداشت ومرگ دکتربقائی یادآور«قتل های زنجیری»درهمان دوران است درحالیکه هیچیک از«مدافعان حقوق بشر»(چه درداخل وچه درخارج ازکشور)سخنی ازدستگیری،شکنجه ومرگ وی نگفته بودند!
سعیدی سیرجانی در مورد دستگیری و مرگ مظفّر بقائی گفته بود:
-«من در سفر بودم که خبر آخرین گرفتاری دکتر بقائی را شنیدم و بلافاصله به چند نفری که در اتاقم نشسته بودند گفتم «کارش تمام شد!»و با قاطعیّت برای شان استدلال کردم که مردی که من می‌شناسم از این هردم بیلهایی نیست که بشود گریمش کرد و پشت تلویزیون آوردش و به خوردم نخوردمش انداخت. او شاگرد مکتب سقراط است و یقین دارم مثل سقراط مرد ِ مردانه به استقبال اجل خواهد رفت».
                                            همایون داوودی